Embraer Defesa e Segurança se encuentra modernizando tres aviones E-99 de la Fuerza Aérea Brasileña (FAB), de un lote de cinco unidades, a la configuración E-99M. En un principio, la FAB tenía previsto recibir la primera de estas aeronaves en los primeros meses de 2020, sin embargo la entrega se ha pospuesto para la segunda mitad del año. Se espera que el proceso de renovación de los cinco aviones se complete en 2022.
Embraer fue contratada en enero de 2013 para modernizar los cinco aviones por un monto aproximado de 430 millones de reales (80 millones de dólares al cambio actual). El programa de modernización administrado por la Comissão Coordenadora do Programa Aeronave de Combate (Copac) también involucra a las compañías Saab, Rohde & Schwarz, Thales, AEL Sistemas, Atech Negócios em Tecnologia, Barco y Akaer Engenharia.
La modernización permite una mejor visualización del tráfico, capturar más información, un aumento en la capacidad de actuar en un entorno de guerra electrónica, además de una mejora en la coordinación de los sistemas integrados.
Esto consiste, esencialmente, en la mejora del radar Erieye y la instalación de monitores de pantalla plana multifunción, sistemas de guerra electrónica de Elbit Systems EW and SIGINT - Elisra, radios definidos por software Soveron AR, el sistema de identificación amigo o enemigo TSC 2050 y provisiones para el sistema de enlace de datos táctico LINK BR2.
Los E-99 entraron en funcionamiento entre 2002 y 2003, como parte de las adquisiciones destinadas a componer el Sistema de Vigilância da Amazônia (Sivam). El avión operado por el Escuadrón Guardião, con base en el Ala 2 de Anápolis, es capaz de detectar objetivos aéreos y transmitir la información de detección a los centros de control en tierra.